Gặp khó khăn trong Hợp Đồng Thi Công theo hình thức trọn gói

Hiện nay bên em đã thi công công trình Nâng cấp đường nội bộ và đang vào giai đoạn hoàn thành nhưng gặp chút khó khăn trong vấn đề nghiệm thu và quyết toán cụ thể như sau:
VD: Theo bản vẽ thiết kế: thi công cấp phối đá dăm 0x4 (trên nền đường đá/bêtong có sẵn) dày 45cm cao độ 6.500
Thi công thực tế xảy ra 2 vấn đề:
- Cao độ = 6.500, độ dày <45cm: TVGS buộc bù thêm độ dày
- Cao độ < 6.500, độ dày >= 45cm: TVGS buộc bù cao độ
Khi bên em không đồng ý cách giải quyết như thê của TVGS và chủ đầu tư vì họ nói là hai bên đã thống nhất thêm điều khoản ""Nếu khối lượng thi công thực tế nhỏ hơn khối lượng hợp đồng thi quyết toán theo khối lượng thực tê" khi thương thảo hợp đồng, phía bên em đã giải trình rõ theo 2 ý sau:
- Căn cứ luật đấu thầu số 43/2013/QH13 thì hợp đồng trọn gói đồng nghĩa là khi nhà thầu thi công đúng theo thiết kế được phê duyệt (chỉ tính cao độ thiết kê, không tính độ dày cấp phối) thi bên chủ đầu từ phải thanh toán đủ theo hợp đồng.
- Căn cứ khoản 2 điều 37 của nghị định số 37/2015/NĐ-CP quy định về điều chỉnh khối lương trong hợp đồng trọn gói: trường hợp phát sinh hợp lý những công việc ngoài hợp đồng đã ký thì mới tính đến phần khối lượng (chỉ giảm hoặc tăng khối lượng khi có cần cắt hoặc thêm các hạng mục).
- Phần thiếu sót trên là do lỗi của bên tư vấn thiết kế và chủ đầu tư chứ không phải là của nhà thầu
=> vậy mà Bên phía TVGS và chủ đâu tư không chịu vì sợ thanh tra sau này kiểm tra và xuất toán do vậy mọi vấn đề là nhà thầu phải chịu hết, còn khi thương thảo hợp đồng mà không chịu thêm điều khoản trên vào thì huỷ hợp đồng. tính 2014 đến này bên em đã thiệt hại hàng trăm triệu đồng ý cái hợp đồng trọn gói này.
Em thú thật: do trình độ kém với lại là doanh nghiệp nhỏ nên không biết là mình giải thích vậy có đúng không, nhờ các bác tư vấn hướng giải quyết các vấn đề trên để bên em giảm bớt khó khăn...
Rất mong nhận được ý kiến các bác, Chân thành cảm ơn...!